动物科技学院办学历史悠久，渊源于1917年南京高等师范所设农科，是国内最早设立的一个畜牧兽医高等教育单位。1921年在南京高等师范的基础上成立的东南大学正式设立畜牧系，1927年东南大学更名为中央大学，新中国成立后中央大学更名为南京大学。1952年全国高等院校调整成立南京农学院，由原南京大学农学院的畜牧兽医系和浙江大学农学院的畜牧兽医系合并成立南京农学院畜牧兽医系，分设畜牧、兽医两个专业。1983年畜牧兽医系分开，成立畜牧系和兽医系。1994年畜牧系更名为动物科学系，1996年正式成立动物科技学院。

    学院设有动物遗传育种与繁殖系、动物营养与饲料科学系、特种经济动物与水产系、实验教学中心（国家级示范）和农业部牛冷冻精液质量监督检验测试中心。现有教职工109人，专任教师84人，教授28名，副教授26名，博导22名，硕导44名；国务院“政府特殊津贴”2人；国家杰青1人、“973”首席科学家1人、现代农业产业技术体系岗位科学家2人、国家优青1人；教育部新世纪人才1人、青年骨干教师3人；江苏省“六大高峰人才” 1人、333人才工程培养对象3人、青蓝工程中青年学术带头人2人、骨干教师培养计划2人、教学名师1人；南京农业大学钟山新秀5人；“新中国60年畜牧兽医科技贡献奖（杰出人物）” 1人。

    拥有畜牧学、水产一级学科博士点和1个博士后流动站，4个二级博士点、4个二级硕士点，皆为省重点学科。本科有动物科学、水产养殖、动物健康与生产强化班（共建），动物科学为教育部和江苏省特色专业。在校本科生600余名，研究生400余名。

    建有动物科学类国家级实验教学示范中心，农业部动物生理生化重点实验室（共建）；江苏省消化道营养与动物健康、动物源食品生产与安全保障、水产动物营养、家畜胚胎工程省级实验室4个；肉羊产业省级工程技术中心1个、校企共建省级工程中心2个；国家级精品课程2门、视频公开课1门、资源共享课2门；目前，承担国家、部省级课题80多项，主持973一项。近年来，获得国家科技进步二等奖2项（参加单位）、国家教育教学成果奖二等奖1项、省部级科技奖8项，国家专利20余项。实施卓越农林人才教育培养计划改革试点专业。与国内10多家知名企业建立紧密合作关系，每年奖学、奖教金达70余万元。

    注重国际交流及合作，先后与美国、英国、法国、德国、丹麦、加拿大、澳大利亚、荷兰、日本等国20多所大学建立合作关系。7所国外高校与学院建立了联合办学项目，如中美“1+2+1”本科双学位、澳大利亚墨尔本大学“2+1.5”本科双学位、加拿大曼尼托巴大学本科双学位、荷兰瓦赫宁根大学研究生、韩国国立庆北大学学生交换等。

    学院在百年的发展历史中，动物科学各领域取得了一批丰硕的部省级以上教学和科研成果，为国家培养了3000多名本科生与研究生，其中包括中国工程院院士任继周和刘守仁在内的一大批高级专门人才。