机电工程学院前身是创建于1958年的农业机械系，1992年改名机电工程系，2003年与水利水电工程系合并组建工学院，2017年成立机电工程学院。学院现有在读全日制本科生1267人。

    学院现设农业机械化及其自动化、电气工程及其自动化、机械设计制造及其自动化、车辆工程4个本科招生专业，其中农业机械化及其自动化为国家级特色专业；机械设计制造及其自动化专业为省级特色专业；农业机械化及其自动化、机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化为本科第一批次招生专业。学院现有农业工程一级学科博士点1个，二级交叉学科北方旱区作物生产装备工程博士点1个；农业工程一级学科硕士点1个，农业机械化工程、农业电气化二级学科硕士点2个，农业工程领域专业学位硕士点1个，农业工程与信息技术专业学位硕士点1个，农业工程省级重点学科1个。

    学院现有教职工52人，其中博士生导师7人，硕士生导师19人，教授10人，副教授7人。拥有公益性行业（农业）科研专项首席科学家1人，现代农业产业技术体系岗位科学家1人，甘肃省跨世纪学科带头人1人，甘肃省领军人才第一层次2人，第二层次2人，甘肃省“333”创新人才工程人选1人，“555”创新人才工程人选2人，中国农业机械学会青年科技奖获得者1人，甘肃农业大学伏羲杰出人才2人，甘肃农业大学伏羲青年人才1人。多名教师先后到国外及国内一流大学研修、访学和学术交流。

    学院拥有农业部北方马铃薯全程机械化科研基地（西北地区）、农业工程省级实验教学示范中心和甘肃省旱作农业装备工程实验室，设有农机与汽车实验室、机械基础实验室、电工电子实验室、力学实验室、CAD与制图实验室共5个本科教学实验室和机械工程训练中心，总面积5543.09平方米，设备总值1101.82万元。学院设有东风汽车公司（十堰）、雷沃阿波斯集团、三花控股集团、兰州星火机床有限公司、兰州吉利汽车工业有限公司、甘肃洮河拖拉机制造有限公司等21处校外实习基地，甘肃省机械科学研究院、甘肃酒泉铸陇机械制造公司等6处创新实习基地和酒泉奥凯种子机械有限公司、雷沃阿波斯集团、四川奥凯川龙农产品干燥设备制造有限公司、三花控股集团、四川川龙拖拉机制造有限公司、甘肃省机械科学研究院“3+1”教学基地6个。学院与中国农业大学、西北农林科技大学、中国农业机械化科学研究院、农业部规划设计研究院、农业部南京农业机械化研究所等高等院校及科研院所有广泛联系与合作，参与“1+2+1中美人才培养计划”项目。

    学院先后获得省级教学成果一等奖5项，二等奖2项，厅级奖5项，目前有省级精品课程2门，校级精品课程6门。

    学院近三年先后主持和参与公益性行业（农业）科研专项、国家重点研发计划项目、国家自然科学基金等科研项目43项；获省部级科研成果奖3项，其中一等奖1项，二等奖2项；获国家发明专利16件、实用新型专利100余件；在国内外学术期刊发表论文200余篇，其中SCI、EI、ISTP收录43篇，出版教材与学术专著12部。