食用菌工厂化生产行业是一个细节决定成败的行业，菌种的培育、生产工艺、环境控制，污染防治等过程，都需要较高的技术和丰富的经验。例如：每种食用菌都对生长环境有特定要求，温度、光照、湿度、氧气、二氧化碳含量等环境因子对食用菌的生长尤为重要，在不同地域，不同季节需要采取不同的环境控制技术，选择合适的菌种，并进行科学的栽培，才能生产出高产，优质的食用菌。

留造成黑木耳污染的重视。臭氧将成为食用菌行业的新兴消毒剂得到迅速的推广和使用。
二、臭氧在食用菌生产加工方面的应用
尽管在我国的药品生产GMP验证中早已推荐了臭氧灭菌方法，但臭氧在食用菌生产和黑木耳深加工的应用中是在近两年才得到一个蓬发展的机会。使用成功的主要有以下几个方面：
1、食用菌培养室与制菌工具的消毒灭菌
　　 在食用菌厂，臭氧气体用于食用菌培养室，接菌室食用菌培养室，接菌室与制菌工具与制菌工具消毒是非常方便，有效的传统的消毒方法是用甲醛，硫磺等化学试剂熏蒸，众所周知，甲醛，硫磺熏蒸的弊病较多，国外近期研究证明，在控制空气微生物方面，臭氧是甲醛和其它化学熏剂的替代物。通过化学雾化，紫外线与臭氧作消毒剂的对照试验，结论是臭氧既有效又无残留，臭氧“大大抑制” 食用菌培养室，接菌室与制菌工具中各种细菌群体的生长。