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黑木耳的段木栽培即将山上的树木伐倒，断成一米多长的木段。在木头外表面打上圆洞，将木耳菌种到洞里，堵上木耳塞。放置在露天场地，自然环境下，经过数日便能生出黑木耳了，这种方式培育出的黑木耳最接近野生木耳。
代料栽培是现在黑木耳培育的主流方法。将木屑及秸秆等原料放入特制的塑料袋中，经过灭菌、接种、养菌等工序，自然放置、生长。该方法的应用，木耳产量高、质量好，减少了传统方法对树木的过度砍伐；也对木屑、秸秆等价值低的物料进行再利用，变废为宝。不过培育黑木耳的原料仍需加大研发力度，以提高黑木耳的产量和质量。
据有关部门统计，近年来，我国黑木耳产量呈现快速增长，截止2014年，全国黑木耳产量为579万吨，总体增长4%。据中国食用菌商务网市场部调查，黑木耳的消费需求也呈现逐年增长势头。在全国食用菌主要生产品种的排序中黑木耳位居第二，排香菇之后，成为我国食用菌主产品种。同时，伴随着消费需求的增长，加之各地政府部门的扶持力度不断加大，菌农生产积极性及交易额也不断增长。黑木耳产业从新产品研发，到生产模式创新及营销方式的改进，整个产业处于高速发展期。
产业基础仍显薄弱。目前大部分黑木耳产区还处于劳动密集型产业阶段，生产单位是家庭，生产方式是手工，这种小规模分散生产经营，使得产业抵御风险的能力较差，影响了黑木耳产业竞争力提升。
市场监管存仍需加强。在黑木耳现有的市场流通过程中，还存在市场行为不太规范，短期行为严重等现象。如，黑木耳产品掺杂使假、以次充好等，干扰黑木耳市场，影响到生产主体和消费者的利益。
黑木耳产业化程度亟待提高。目前市场上黑木耳加工以烘干等粗加工为主要方式，加工链条较短。由于科技投入不足，黑木耳深加工滞后，缺少拳头产品和主打品牌，低端产品同质化竞争严重，科技含量低，产品缺乏市场竞争力，黑木耳产业可持续发展能力较弱。产业销售、物流运营水平也需稳步提高。
森林停伐，黑木耳产业将面临基料供应的短缺。黑木耳是木腐菌，黑木耳基料木屑主要来自林区的木材加工及煤矿的坑道木材加工，随着木材加工量的减少和煤矿采掘改用现代钢架支撑，木屑的资源将越来越少，导致生产成本逐年增加。替代基料的研发及栽培模式的创新显得非常重要。
