一、菌种不纯。受菌种生产者知识和技术水平等限制，不能正确或及时鉴别杂菌和污染的菌种，不健康菌种用于栽培势必会导致失败或减产。

二、质量不齐。由于菌种生产厂家的设施设备、培养条件和技术水平不同，生产出的菌种质量有很大差异。正规菌种厂能够生产出合格菌种，但小型及个体菌种厂生产出的菌种，质量就不一定能得到保证，菇农在引种时要到当地信誉好，技术力量有保障，通过省级认证的厂家去购买。

三、菌种老化。由于不利外界环境因子的影响、生产程序不严格、菌种自身或诱发变异、杂菌或病毒感染、长期保存不注意选育复壮及无限度扩大培养等原因，导致食用菌品种退化或老化。主要表现在菌丝细胞生命力差、生长速度慢、菌龄延长、转茬慢、产量低、抗杂、抗逆能力差、异常的生长、菇质差等。

四、夸大种性。把推广菌种的特性让栽培者明确，是菌种生产厂家必须做到的事情，但一定要科学、准确。在现实中，对所售菌种种性介绍含糊、夸大、牵强附会甚至欺骗的广告、宣传屡见不鲜。比如菌种的抗性，包括发菌阶段对各种霉菌、出菇阶段对不同侵染性病害的抗御能力，再好的品种，不会什么病都抗，笼统地说抗性强，是极不科 学的；又如生物转化率，其高低 涉及的因素很多，一个高产菌株只有在大规模生产考验中才具说服力，但有的厂家却把菌种的生物转化率提高到400%，显然是诱骗；再如在温型的描述中，只粗略地提供出菇的范围就失去了意义，甚至是误导等。

五、品种混乱。食用菌品种很多，常见的就有十几个品种，一般一个菌种厂会同时生产几个品种，很多情况因生产不规范、盲目追求效益，导致在生产过程中发生不同菌种混杂的现象。