在生产实践中，由于播种季节不同，转色场地的气候条件特别是温度条件不同，转色的快慢不大一样，具体操作要根据菌柱表面菌丝生长情况灵活掌握。转色过程中常见的不正常现象及处理办法：
①转色太浅或一直不转色：如果脱袋时菌柱受阳光照射或干风吹袭，造成菌柱表面偏干，可向菌柱喷水，恢复菌柱表面的潮湿度，盖好罩膜，减少通风次数和缩短通风时间，可每天通风1～2次，每次通风10～20分钟。如果空间空气相对湿度太低或者温度低于12℃，或高于28℃时，就要及时采取增湿和控温措施，尽量使畦内湿度在85%～90%，温度掌握在15～25℃。
②菌柱表面菌丝一直生长旺盛，长达2毫米时也不倒伏、转色：造成这种现象的原因是缺氧，温度虽适宜，但湿度偏大，或者培养料含氮量过高等。这就需要延长通风时间，并让光线照射到菌柱上，加大菌柱表面的干湿差，迫使菌丝倒伏。如仍没有效果，还可用3%的石灰水喷洒菌柱，并晾至菌柱表面不粘滑时再盖膜，恢复正常管理。
③菌丝体脱水，手摸菌柱表面有刺感：可用喷水的方法提高空气相对湿度及菌柱表面的潮湿度，使罩膜内空气相对湿度保持在85%～90%。
④脱袋后两天左右，菌柱表面瘤状的菌丝体产生气泡膨胀，局部片状脱落，或部分脱离菌柱形成悬挂状：出现这种现象的主要原因是脱袋时受到外力损伤或高温(28℃)的影响，也可能是因为脱袋早、菌龄不足、菌丝尚未成熟，适应不了变化的环境造成。解决办法是严格地把温度控制在15～25℃，空气相对湿度85%～90%，促其菌柱表面重新长出新的菌丝，再促其转色。
⑤发现菌柱出现杂菌污染时，可用Ⅱ型克霉灵1∶500倍液喷洒菌柱，每天1次，连喷3天。每次喷完后，稍晾再罩膜。
2、不脱袋转色法：除了脱袋转色，生产上有的采用针刺微孔通气转色法，待转色后脱袋出菇。还有的不脱袋，待菌袋接种穴周围出现香菇子实体原基时，用刀割破原基周围的塑料袋露出原基，进行出菇管理(河南泌阳香菇栽培模式)。出完第一潮菇后，整个菌袋转色结束，再脱袋泡水出第二潮菇。这些转色方法简单，保湿好，在高温季节采用此法转色可减少杂菌污染。