二次发酵是双孢菇种植过程中一个比较重要的环节播种后的走菌速度和杂菌都和二次发酵有关。

     二次发酵一般进行的时间约5-7天。培养料上架后封闭门窗，必要的时候在上料时或者上料后补足水分，以手握滴一至两滴为宜。这边为什么不写详细的含水量数据?因为目前国内用的原材料太多种，很多材料达到适合发酵的水分根本不是麦草或者稻草的65-72%，像木屑含量多的杏鲍菇废料很难做到含水量65%，经常在62%左右就达到饱和含水量了，也就是水往料底渗了。

     二次发酵分为巴氏消毒阶段和控温发酵阶段。

     巴氏消毒阶段：一般第二天开始用蒸汽加热，升温速度不要太快，尽量保持料温空间温度平衡，或者空间略高料温2-3℃。然后让空间温度及料温继续上升到60-65℃，维持12-24小时。空间温度如果只能达到60℃的话，那么60℃维持12-24小时，如果空间温度能到65℃就维持8-12小时足够了。

     控温发酵阶段：在完成巴氏消毒后，停止进蒸汽，空间开始降温，如果降温过慢，可以开一些窗户（空调菇房开始进新风，一般在40%左右），让培养料温度在6-12小时以内降到54℃，控温发酵的第一天料温维持在54-52℃，第二天料温维持在52-50℃，第三天维持料温维持在50-48℃，这样保持4-6天，如果培养料有氨气，那么第三天的料温就要维持在48-45℃，一直维持到培养料闻不到氨气味，那么就可以开始降温播种了。空调菇房一般第一天用100%新风降温，第二天用空调继续把料温降低到23-25℃左右后开始播种，播种前必要的话要调好培养料的水分后才播种。

     这边还要提到的是在巴氏消毒阶段，关键是空间温度，一定要达到60℃以上，料温即使高达70℃也不会有问题的，这个已经经过几百万平方米的验证了。而在控温发酵阶段，重点是关注料温，只有在54度以下活跃的微生物才不会大量产生氨气的，而在42-48℃的料温氨气消除是最快的。而这个时候只要空间温度不要长时间（不超过48小时）低于38℃就不会有事的。但是如果连续72小时空间温度低于38℃，那么做出来的培养料表面丝状真菌类（俗称水霉）过多，那么播种后容易感染绿色木霉。

     很多书提到巴氏消毒温度不要超过60℃，这个根据本人11年的大面积种植追踪观察，还是要达到65℃最好，这个可以确保杀死潜伏在菇房及床架内大部分的有害菌，比如疣孢霉、胡桃肉状菌。二次发酵期间要不要开窗通气，很多材料都说要开，我觉得不用开。为什么呢？因为通入热蒸汽时会产生热力上升作用和对流效应，可以把室外的空气带进菇房。除非你把窗户糊死了，空气完全进不去才需要开窗。如果开窗户时间长，你可以发现窗户旁边的料经常会感染其他杂菌。发酵5天以上，发酵后，你的料闻起来是有一股甜甜的味道的，不会有臭味的。这种料，你播种后管理非常容易，很少会感染其他杂菌。