香菇烂棒原因很多，不同阶段原因不同。前期拌料不匀，灭菌不彻底，菌种纯度不够，微孔，接种操作不严等都会引起感染烂棒。中期菌棒内温度过高空间湿度过大，，通风不良，强光照射等引起菌丝死亡烂棒。后期菌棒分泌红水腐蚀菌棒或出菇注水过多温度过高等引起烂棒。