还是要慎用多菌灵。食用菌栽培周期短，尤其在出菇期使用多菌灵杀菌剂，药剂极易残留在子实体内，对人类健康不利。 
注意均匀用药。多菌灵拌入营养料时，要先将药剂溶于一定量的水中，再逐渐拌入培养料中且要充分搅拌。另外，复方多菌灵能在防治农作物真菌病害时，显著提高防效效果，但因对食用菌菌丝生长有抑制作用，不能用于食用菌培养料的消毒灭菌。

注意药剂用量。用多菌灵拌料时，应严格控制药液的浓度，用药量应控制在0.05%~0.1%之间。这样的浓度足以杀死和抑制其他杂菌，如果盲目加大用药量，不仅增加成本，而且会影响菌丝生长，造成杂菌产生抗性。还会因在子实体内积累量增多而造成食用菌的污染，对人体健康不利。