发菌质量直接关系到平菇产量水平及其抗病性。要在洁净、通风良好、光线较暗的场所发菌。气温高时，可双层单行放置；温度过低时，可排放5-6层，双行或多行并列。在袋料中插上温度计，每天观察2-3次，料温控制在18-25℃，不低于15℃，不超过28℃，昼夜温差不宜过大，空气相对湿度以60%-65%为宜。发菌一周后可采取人工辅助发菌，在菌种层部位扎微孔，或适度松动袋口；每两周倒翻菌袋1次，上下调换位置。