熟料栽培中培养料发酵的目的就是促使培养料降解、腐熟，改善培养料的理化性状，消除培养料中的有害生物等，为平菇的菌丝生长、发育创造良好的条件。建堆后由于堆内中高温型好气性菌类活动产生新陈代谢，堆温会逐渐升高。高温季节24h左右、低温季节48h左右，堆温可达65℃以上，当堆温达到65℃以上，维持24h左右进行第一次翻堆。
合理的进行翻堆是发酵的关键步骤之一。
翻堆时把料堆外层干燥冷却的培养料与内层（好气层发酵层）和底层（厌气发酵层）的培养料互换位置，以便均匀发酵，缺水时再喷淋少量水，使原料保持一定的含水量，再重新整理好堆形，继续发酵。每隔1~2天翻堆一次，每次翻堆可将配方中的辅料拌入，翻堆3~4次后培养料开始变色，有酵香味，无霉味和臭味，发酵即告结束。一般情况下发酵6~8天即可，气温较低时可适当延长发酵时间。发酵好的培养料松散而有弹性，略带褐色，无异味，不发黏，质感好，散开的料堆上有肉眼可见的白色放线菌，并散发出大量热气，发酵是一场与微生物之间的较量，发酵的成功预示着良好的开端。