主要有常压和高压灭菌两种方式，无论采用常压还是高压灭菌，灭菌都要彻底。常压灭菌由于灭菌数量大，不易灭透，故应延长灭菌3～4小时，即在100℃条件下应维持灭菌12小时以上。灭菌效果是影响菌袋生产的关键因素，如果灭菌不彻底，菌袋接种后容易引起杂菌污染，提高生产成本。将装好的培养袋进行常压灭菌，注意火力要“攻头、保尾、控中间”，攻头就是用旺火猛烧，在5小时内菌袋内部温度要上升到l00℃，控中间是将100℃保持8～10小时，同时密切观察锅内水位，防止锅内烧干。灭菌时间结束，停火后应打开灭菌锅，通气30分钟，取出菌袋，菌袋要及时搬到已消毒好的接菌，让其自然冷却，进行接菌。