木耳菌种主要是采用3级扩繁生产，既母种原种栽培种，生产上主要是栽培种；菌种生产主要有两种，固体菌种和液体菌种。个体经营者生产规模较小，一般选用固体菌种，工厂化大规模生产一般采用液体菌种。
1.固体菌种要求菌丝生长健壮、长势强，无杂菌污染，菌丝长满袋，洁白，手掰开成块不散、萌发快、无老化。
2.液体菌种要求菌球大小一致、密度高、无异味。菌种罐空消时无菌消毒要彻底，尤其是管道、空气过滤设施的灭菌，一定要无死角，彻底消毒，包括接种枪。液体菌种具有以下特点：液体菌种相对传统固体菌种制种快；液体菌种活力强、纯度高；液体菌种的周期短、生产成本低；液体菌种污染率低。