子实体在分化的时候，温度相对控制得较低，对于大多数食用菌来说，其实都是如此，而且要比它的菌丝体生长所需的温度更低一些。比如说香菇菌丝生长最适宜的温度是25℃，但是子实体分化的时候最适宜的温度只有15℃左右，达到了20℃以上就会逐步停止分化。但是子实体发育时，温度要高于分化时的温度。草菇子实体分化的温度一般控制在7~21℃，但子实体发育的温度应保持在30~31℃左右。平菇子实体分化温度在15~27℃，而子实体发育温度在13~17℃。金针菇子实体分化的温度一般在12~24℃，而子实体发育的温度一般在8~14℃左右。

一些子实体在形成期间不仅要求温度较低，而且还有一定的温差，才能有效刺激子实体的形成，这就是通常所说的变温结实型食用菌，像香菇、平菇等，而金针菇、黑木耳等都被称为恒温结实型。