菌袋最好选用厚0.05毫米的低压聚乙烯塑料菌袋,每个菌袋干重约1公斤。装袋前要检查是否漏气,检查方法是:将塑料袋吹满气,放在水里,看有没有气泡冒出。低压灭菌的采用0.05毫米厚的聚乙烯塑料袋,高压灭菌的宜采用0.05毫米厚的聚丙烯塑料袋,但冬季气温低时,聚丙烯筒变脆,易破碎。塑料袋厚薄要一致、均匀,无沙眼不漏气。
装料要紧实不松散,在4~5小时内完成,时间过长原料易酸败变质。在离封口2厘米处回折扎紧菌袋(先直扎,再折转扎紧),这样可防止水蒸气进入料袋,防止杂菌污染。装好后的料袋要无破损、无刺孔,用手抓有木棒状感。若用装袋机,可6人一组,1人往里加料,1人装袋, 1人递袋,另外3人整理料袋扎口。
装好的菌袋当天要进行灭菌,不宜放置过夜。因为是湿热灭菌,靠水分子传导热进行杀菌,所以及时排尽冷气是关键。菌袋在灭菌灶内的摆放尽量多留空隙,以提高灭菌效果。