1.食用菌生产环境的处理；因灾损坏倒塌的菇棚要及时采取补救措施，尽快修补或重新搭建，新建生产场所时尽量选择在地势较高，排灌方便的位置，做好排水、引水、喷灌水等设施，菇棚建造尽量采用钢架抗风、抗洪结构。
2.及时晾晒受淹原材料；天气晴朗后，对受淹原材料及时进行摊晾、暴晒，晒干后备用。
3.菌棒生产自救措施；挑出遭遇洪水浸泡的菌棒，天气晴好后破袋返工。按30%的比例添加新料，新料按16%的比例添加麸皮拌匀，对旧料添加1%-2%的石灰粉进行拌合均匀后再与新料混合拌匀，重新装袋、灭菌、冷却、接种。
待接种未进水的菌棒和灭菌中断菌棒，要待天气晴好较为稳定时再继续灭菌，按照正常的程序把握灭菌时间。
4.加强床栽品种松料补土；床栽品种应根据菌床培养料的实际情况，及时松料和补充覆土。用竹签斜插入栽培料底部撬动，撬料力度要适中，注意不要造成覆土层渗入培养料内。撬料后，进行补土，土层厚度3~4 cm为宜，然后土面喷洒1%的石灰水消毒。