有人认为是灭菌不彻底或菌种存在问题，虽然不排除，但多数菌棒腐烂肯定不是因为这两个原因。从根本上解决问题需要：

1.控温养菌，最好在空调场所养菌；

2.改变套三层塑料袋（保水膜、灭菌袋、外袋）的生产工艺，开发推广透气袋种植香菇；

3.菇棚顶部厚荫棚遮阳，强力通风散热，防止菇房出现高温闷热；

4.加强菌种提纯复壮工作，推广空调控温养菌。

也有人认为香菇菌棒“烂棒”是代料香菇栽培过程中从菌丝培养到出菇期间发生的一种腐烂病。香菇菌棒在发菌过程中，受到高温天气等因素的影响，菌棒通常自表层以斑块大小局部出现，然后逐渐蔓延并深入整条菌棒，受害部位初期表现为菌丝逐渐消失，并附有粘液状黑色分泌物或其它霉层，随着受害程度的加剧，培养料发黑变软腐烂，受害后期菇木因腐烂和水溶物增多而松瘫、解体，培养料呈黑色烂泥状，并伴有特殊臭味。往往能检出大量的虫体和病原物，严重时菇棒腐烂殆尽，香菇绝收。随着全国各地进入夏季，气候逐步上升，香菇菌棒安全越夏成为关键。