菌种运输一定要用冷藏车。当气温达到30℃以上时，需用2℃-20℃冷藏车运输菌种，运输中须有防震、防晒、防杂菌污染的措施。应杜绝让菌种留置在车内暴晒，购买后的菌种宜存放在阴凉洁净处，及早使用。
遮阳喷淋降温。棚顶架设遮阳网和喷淋设施，结合棚外喷水（深井水、水库水等）降温；还可在大棚内四周及棚内人行道两边挖掘出相通的地沟，引入“跑马水”降温。对于没有采用沟灌流水降温的，尽量往层架低层排放。有条件的秀珍菇生产基地，可采用管道冷水循环降温，降低出菇棚温度。
加强通风发菌。发菌棚顶高宜在3.5米以上，利于空气流通。黑木耳菌棒在外覆盖黑白膜的专用发菌棚发菌，棚内用电风扇加强通风。香菇菌棒在常规的出菇棚发菌，场地要求清洁消毒，撒生石灰。
减少菌棒搬动。黑木耳接种后采取套袋静养措施，堆高宜低于5层，减少菌棒自身热量产生。香菇菌棒宜堆成中空的“三角型”或“五角型”，层高40-50厘米（即3-5层）堆间要留有通风道，以利通气散热。
适时刺孔通气。含水量高的香菇菌棒越夏时易烂棒，要在高温来临之前进行刺孔，刺孔深度1.5-2.5厘米，以降低菌棒含水量。刺孔通气应选择在天气凉爽时段进行，同一发菌场地，菌棒刺孔要分批进行；刺孔后的2-3天内，都应加强通风散热，防止菌棒因高温“烧菌”。