菌棒霉烂表现为脱袋转色期间发现黑色斑块，手压有黑水渗出，闻出臭味，香菇烂棒发生的时间，从菌棒发菌到一定程度后便可发生，一般是前期发生较轻，中后期发生较重，严重时造成菌棒腐烂绝收。
主要原因：
1、蒸料，接种操作时灭菌消毒不彻底；
2、脱袋后气温变高，特别是雨天，通风不良，造成高温高湿，引起杂菌滋生；发菌期绿霉没有及时检出处理干净，潜伏料内，脱袋后温湿度适宜而加快繁殖；
3、脱袋太迟，黄水渗透基内，引起杂菌污染；菇场位置过阴，周围环境条件差，气流不畅；
4、养菌时，倒垛时未及时把感染绿霉的菌棒处理干净，有的绿霉潜伏在料内，而脱袋后氧气增加、温湿度适宜，加快了杂菌的繁殖速度。