预防措施：必须严格控制灭菌时间，在蒸锅封闭性、保温性较好且代料装袋松紧适宜的条件下，保持常压灭菌16 h(指代料温度达到100℃后所保持的时间)，蒸锅内料袋要分层均匀排放、留足空隙，确保蒸汽穿透无阻，垛成一堆会影响灭菌效果。对保存1年以上的原料，高压蒸汽灭菌1.5 kg／m3，灭菌时间不能少于4 h。菌瓶或菌袋要在常压灭菌并冷却后，及时送入接种室接种，在运送过程中，菌瓶或菌袋要轻拿轻放，避免因菌瓶或菌袋破损而造成杂菌感染 。

2.菌丝未吃透；菌丝初期培养要在光线黑暗、温度25℃和空气流通性较好的条件下进行。当菌丝布满料袋且未吃透时，不能开孔出耳、挖袋压块，否则在排袋催芽催蕾过程中，由于时间太长，杂菌会在开口处出现霉斑并迅速蔓延全袋，造成料袋报废。      

预防措施：当菌丝吃满料袋后，必须将料袋从培养室移至消过毒的耳(菇)房内，在弱光线刺激下继续培养15 d左右，使菌丝继续生长吃透培养料，当出现原基时方可开孔排袋，催耳芽(菇蕾 )。如菌丝培养 阶段感染杂菌出现霉点，要及时在杂菌未形成分生孢子前用针管向杂菌感染霉点处注射75％酒精和甲醛原液按1：1比例混合均匀配成的杀菌液或直接用饱和氢氧化钠溶液，连续注射3次，经局部杀菌处理过的培养料发黑，不适宜菌丝生长，但也不影响料袋其他部位出耳(菇 )，不会造成料袋报废。 

3.耳(菇 )期供水过早过多；耳(菇)期喷水过早过多、湿度太大，致使耳芽(菇蕾)长期积水，引起杂菌滋生蔓延，或耳芽(菇蕾)长期处于饱和含水量状态，造成烂耳(菇)，即使在正常气候条件下，如不注意通风透气，也会引起霉菌发生。       

预防措施：开口至耳芽(菇蕾)未长大前以保湿为主，可向地面雾状喷水，当耳芽(菇蕾)封住开口孔后，可采用少量多次的雾状喷水方法，保持耳片(菇盖)湿润度，耳片(菇盖)长大时可向耳片(菇盖 )直接喷雾状水保湿。

4.菌种不良；菌种不纯、不壮、菌丝纤细，接入菌袋后菌丝生长慢、吃料差，生活力不强，造成杂菌侵染蔓延。       

预防措施：选用纯正、洁白、健壮、生活力旺盛的菌种做原种。生产用来转接的菌种，要进行恒温保藏，一级种保藏期30 d左右，二、三级种保藏期为20 d左右。菌龄越长，菌丝活力降低，感染杂菌的几率便增大。在菌种生产的各个环节上，都要进行无菌操作，严格控制杂菌入侵的途径，菌种培养基、接种室、接种工具均要彻底消毒。接种前开紫外线灯灭菌30 m in，同时喷洒药剂稀释液或用药剂进行熏蒸灭菌，接种要在接种箱内操作。菌种培养期间要经常检查，及时淘汰污染的菌种。       

综上所述，木耳、香菇代料栽培杂菌防治措施防重于治，主要通过消灭或切断杂菌的初侵染源 ，达到预防杂菌侵染、丰产增产的目的。