滑菇菌丝生长期的管理应以促进滑子菇菌丝生长，控制杂菌侵染为中心，进行以控温、通风为重点的管理工作。老菇房应采用新洁尔灭或绿霉净等药物喷洒和用消毒盒或硫磺薰蒸两结合的方法，消毒后才可使用。 1、菌丝萌发定植期管理：北方滑子菇接种一般安排在2月下旬～3月初完成，此时日需人为提温达到菌丝生长所需的最低温度5℃以上，菌块温度高于12℃ 以上时应将菌盘单盘上架摆放。
2、菌丝扩展封面期管理：定植的菌丝体逐渐变白并向四周延伸。随着温度提高，菌丝生长加快并向料内生长，但随着温度的升高杂菌也会蔓延造成污染，这个阶段应以预防污染为中心，棚内温度控制在8℃～12℃为宜，要求五至七天翻盘倒垛一次加大通风量。
3、菌丝长满期管理：四月中旬气温升高，菌丝已长满整个盘，此时菌丝呼吸加强需氧量加大、释放热量，需要控温在18℃左右并加大通风量。
4、越夏管理：七、八月份高温季节滑子菇一般已形成一层黄褐色腊质层，菌块富有弹性，对不良环境抵抗能力增强，温度超过30℃以上菌块内菌丝会由于受高温及氧气供应不足而死亡。因此此阶段应加强遮光度、昼夜通风，棚顶上除打开天窗或拔风筒外还要安装双层遮荫网或喷水降温设施。
5、发菌质量的鉴别：质量好的菌块应是菌料一体，表现为出现黄至锈褐色蜡层、有光泽、用手指按压有弹性;剖开看白色菌丝充满料间不干涸、有蘑菇气味。