刺孔具有促进菌丝生长的增氧作用，用于促控菌棒培养时间的调节。菌棒刺孔后棒内与棒外温差2--4℃，所以，刺孔时应严密监督。
监督要点：
1.菌团上面的袋膜松弛，有空隙的地方不刺孔,袋中营养料虚软的袋子不刺孔，防止孔中流通空气感染培养料。
2.刺孔的位置应距离菌团边缘大于2公分的位置.防止刺透菌团。
3.培养料偏湿的袋子适当多刺孔。
4.气温超过33℃时,宜选用阴雨天气刺孔。刺孔后要保持棚内适当通风。如果在室内井字型堆放,层数应低于4层,防止阳光直接照射，烧伤菌棒。
5.无论何时上架的菌棒，出现转色现象后，均要每隔10天左右转动一次菌棒，发现有积水,立即在积水处刺孔排水。
6.如有菌棒凹陷处的袋膜贴紧,影响转色，要用锥子挑起袋膜,切不要挑破袋膜。