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各个部门都有扶持，科研项目找省市科技局，推广开发找发改委，合作社项目找中共农委（部）或供销社，林业局、农业局、团委、妇联、扶贫办等均可申报支持。开始时先找当地部门，在找省市部门，一般不要申报国家级的，很难的。

关于申请扶持款,有很多途径和方式,如申请农业部发改委科技部等的扶持项.
另,根据你的企业情况,有的需要通过当地部门申请,有的可向省级单位申请等.
下面是国农办关于财政补贴的文件.供参考.

关于2009年农业综合开发产业化经营项目实行财政补贴的指导意见
　国农办[2008]208号 ；

　各省、自治区、直辖市、计划单列市财政厅（局）、农业综合开发办公室（局），新疆生产建设兵团财务局、农业综合开发办公室，农业部农业综合开发办事机构： ；