上海市农业科学院食用菌研究所成立于1960年，是我国建所最早、学科齐全、综合技术力量较强的食用菌专业研究所，现有职工60多人，其中有硕博士学历的人员30多人，已形成食药用菌遗传、育种、栽培和深加工等优势研究领域。近年来我所在我国食用菌未来两大发展方向上进行了大量的研究工作，在工厂化栽培技术方面，进行了从工厂化专用品种的选育，到配套裁培技术，再到控制系统等关键技术的研究；在深加工技术方面，进行了加工专用品种的选育、配套裁培技术和标准化加工技术的研究。我所现有农业部“上海出口食用菌优良菌种标准化繁育中心”；农业部“国家食用菌加工技术研发分中心”；“上海市食用菌工程中心”；“上海市农业遗传育种重点实验室微生物分室” 等国家和上海市的科研平台，配备了国际一流的研究设施和设备。经历了近五十年的艰苦创业，已承担部市级项目上百项，获得国家、农业部和上海市的各种奖项四十余项，在国内外的各类期刊杂志上已发表了学术论文700多篇。我所选育出的优良菌种、研制出的高产优质栽培技术已辐射全国各地，有的甚至还输出国外。
通过与高等院校的合作，我所已形成了以培养初中级食用菌专业技术人员到以培养硕士、博士生为主的培养体系。与上海市农业科学院信息所合办的《食用菌学报》（双语版）、《食用菌》为广大食用菌界的同仁提供了一个展示和交流科研成果的舞台。现在我所以与二十多个国家和地区的大学、科研机构建立了密切的合作关系，每年都会进行双边的互访人员交流，我所有一批优秀青年学子从国外学成归来，在科研中发挥着中流砥柱作用。通过多年争取，我所于2005年成功地举办了我国首个食用菌国际大会—第五届世界食用菌生物学及产品大会，这次会议为提高我国食用菌领域在国际上的地位发挥了很好的作用。另外我所还承担了多期科技部、农业部的食药用菌国际培训班，为世界各国，特别是第三世界培养上百名食药用菌的技术骨干。
在科研成果的产业化方面我所也已成功地跨出了一大步，所全资或合资的上海百信食药用菌科贸有限公司、上海丰科生物科技股份有限公司和上海国森生物科技公司为所的成果转化提供了广阔的平台。
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