山东大学微生物学科历史悠久，基础良好，获我国首批博士和硕士学位授予权，1987年被评为国家重点学科，同年经国家批准，由世界银行贷款120万美元，国内配套362万人民币投资建设，筹建国家重点实验室，1995年11月通过国家验收，正式命名为微生物技术国家重点实验室，开始运行和对外开放。2001、2006、2011年 三次通过了国家科技部组织的评估，成绩良好。现任重点实验室主任为“千人计划”国家特聘专家张友明教授，现任学术委员会主任为中国科学院院士邓子新教授。
生命科学和生物技术被誉为21世纪科学技术发展的主流。微生物技术作为其中的主要分支，是生命科学和生物技术发展 的重要基础和先导，在解决人类社会所面临 的资源紧缺、环境污染、粮食危机、生态破坏等严峻挑战方面，微生物技术具有无可替代的重要作用。实验室主要研究方向包括：1、微生物及其改造技术；2、资源与环境微生物技术；3、工业医药微生物技术。
实验室目前拥有一支年龄结构与知识结构合理、学术思想活跃、能够承担国家大型科研项目的中青年学术骨干队伍。现有“千人计划”专家3名，国家杰出青年基金 获得者3名，国家级“百千万”工程人才1名，“泰山学者”4名，973首席科学家1名，固定人员有教授32人，副教授7人，所有教师均具有博士学位，且 60%以上具有1年以上的海外工作经历。近五年，实验室承担各类科研项目293项，经费总额17421万元，其中国家级项目占70%，省部级和横向项目经费30%。近三年，实验室获得发明专利70项，在Nat Struct Mol Biol、PNAS、Mol Biol Evol、ISME J、Mol Microbiol等知名刊物发表SCI论文300余篇。
实验室在学科建设方面取得了诸多进展，推动了我国微生物技术研究工作的发展，成为国内微生物技术基础研究、应用开发研究和人才培养的重要基地。在国家相关 政策和依托单位山东大学的有力支持下，实验室将始终围绕国家的战略目标，立足创新的基础研究，加快实现科技成果的转化，争取在科研方面实现重大的突破并进 一步引进和培养高水平人才，保持研究队伍的活力。
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