菌种是指可供生产繁殖用的食用菌双核菌丝体，常由菌丝和培养基质共同组成。根据其培养基质的物理性状不同，常分为固体菌种和液体菌种两类；根据培养基质的原料选取不同，分为木屑种、棉籽壳种、粪草种、谷粒种和木签菌种，目前使用最为普遍的是木屑种、棉籽壳种，而木签菌种由于其优点众多，是未来食用菌产业发展的必然趋势。在菌种产品上，公司坚持以质量树口碑，以口碑树形象的经营理念；在菌种品质上，公司与大学生百强社团生物技术协会共同设立研发部，配备高标准的菌种研究实验室和技术专家，专门从事菌种的复壮和各阶段的优化研究，保证菌丝活力和提高菌种质量以及特性。
1、常规菌种
在生产实践中发现，改变某些生产环节和辅料配比，将主料用腐熟剂发酵腐熟后再使用，并在培养料中加入玉米粉、蔗糖、生物素等，适当增加培养料的紧实程度，从而促进菌丝对大分子物质的分解和吸收，表现为菌丝粗壮洁白，生长周期短，活力强，视觉感官效果好，产量高。
2、木签菌种
将传统的菌种培养基质换成树木枝条、竹片、一次性筷子、雪糕棒等，经过传统菌种的同样的灭菌、接种、发菌后获得的菌种形态。它是一项极具价值的制种技术，能极大地改变生产工艺和解决污染率！菌袋装培养料灭菌冷却后，插入接种木棒菌种，封闭袋口，养菌。每袋插一个木签，按此程序菌丝比常规方法提前10-15天长满菌袋，而且菌丝雪白、健壮，增强抗杂菌污染的能力，接种用杨木枝条，一次性使用，价格低廉，节省劳动力。缩短发菌时间，菌龄上下一致，木条菌种空隙多通气性好，菌丝吃料快，生长旺盛，母种接种到木条原种上，20天菌丝就渗透木条而长满全瓶，比其它培养基培菌缩短5天左右，用木条原种接入栽培种上，培菌时间更可缩短：750毫升玻璃瓶只要15天就可长满全瓶，比木屑栽培种缩短15天，塑料袋20天就发满全袋，时间可缩短25天以上，木条菌种长12厘米，接入培养料中间，发菌上下左右一起长，菌丝纵横延伸，因此发菌时间可大大缩短。
在实际生产栽培过程中，木签菌种主要有如下优势：
1.从接种到出菇时间缩短一周左右，菌龄上下一致；
2.木签菌种本身空隙多通气性好，菌丝吃料快，生长旺盛，不易老化；
3.接种用木片，菌种利用率高，杂菌污染少，制袋成品率在原有基础上提高2%—5%；
4.菌种生产周期短，菌丝活力强；
5.应用广，可用于平菇、灵芝、香菇、木耳、茶树菇等的栽培，取代传统菌种；
6.接种速度快，工作效率提高一倍；
7.栽培者单袋菌种使用成本降低20%~30%，属公司主推菌种形式。
3、优质菌种主要品种：平菇、香菇、茶树菇、黑木耳、毛木耳、金针菇、金福菇、鸡腿菇、灵芝、双孢菇、秀珍菇、姬菇、巴西蘑菇、草菇、杏鲍菇、猴头菇、北冬虫夏草、茯苓、灰树花等。
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