1.温度；温度是环境条件的诸多因素中最为活跃的因素，也是对食用菌菌种生产、生产和使用影响作用最大的因素。任何种类、任何品种菌丝生长都有其生长温度范围、适宜生长温度范围和最适生长温度，同时也有各自的高温致死温度和低温致死温度。菌种生产中都是将培养温度设定在适宜生长温度范围内。总的说来，食用菌对高温的耐受度远不及对低温的耐受度更高。经验表明，在适宜温度范围内，相对较低的温度下培养的菌种栽培使用中活力、长势和抗性都高于较高温度下培养的菌种。如，黑木耳的菌丝生长最适温度多数品种在28℃，在这一温度条件下，菌丝生长最快，但是菌丝相对较细，菌落稀疏，而在25－26℃下，菌丝长速虽稍慢，但是菌丝粗壮有力，菌落致密。因此，菌种生产中常将培养温度设定在低于菌丝生长最适温度以下2－3℃。
菌种生产中常遇到的不是低温问题，而是高温问题。在菌种培养中，温度超过适宜生长温度高限后，菌丝生长显著减缓，甚至停滞生长。温度降至其可生长时，菌丝虽可继续生长，但是，停滞生长期形成浅黄色或浅褐色高温圈。另外，在高温条件下，菌种的污染发生较多。
温度不仅影响菌种生长期菌丝的生长，还影响菌种的栽培效果，有的种类菌种高温培养后，出菇受到显著的抑制或减产。
2.湿度和氧气；湿度包括基质的含水量和培养环境的大气相对湿度两个方面，湿度与氧气是密切相关的，不论是基质还是大气，湿度大氧气含量自然降低。因此，菌种生产中要调整好湿度和氧气的关系。任何种类和品种都有其适宜和最适生长的基质含水量，在适宜含水量范围内，偏低条件更利于菌种的生长，菌丝会更粗壮有力、多分枝、致密、活力强，栽培中接种后萌发快，污染少。但是，外观不及水分和含量大的菌种菌丝那么致密、洁白、鲜活。基质含水量偏大的菌种虽然生长加快，外观更洁白致密鲜活，但是栽培接种后菌丝萌发慢、污染率增高。基质含水量过高时，菌种培养中污染率增加，菌丝生长也会显著受阻而变慢。
菌种培养要求大气相对湿度偏低，以≤75％为宜，过高不但易导致菌种污染，而且造成通风不良菌种缺氧生长干瘪。但是，也不可过低，过低导致菌种上部显著缺水，活力降低。因此，气候干旱地区必要时可地面洒水防止菌种失水。
3.酸碱度；酸碱度（pH）是影响菌丝生长的重要因子，同时也是影响菌种成品率的重要因子。酸碱度显著影响菌丝生长速度。在适宜酸碱度范围内，适当提高酸碱度，可以有效降低菌种污染率。
4.洁净度;环境的洁净度主要影响菌种的污染率，环境洁净污染率低，环境不洁菌种污染率会显著增加。因此，菌种厂选址要便于清洁和空气净化，产生中环境要经常清洁，废渣要处理得当，搞好环境卫生，保持良好的生产环境。
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