食用菌栽培过程中，因栽培环境的温、光、水、气失衡，出现生理性障碍，称为生理性病害。
一、菌丝徒长
1.为害特征
食用菌发菌后至出菇前表现为气生菌丝繁茂、浓密，冒出土层和菌袋外面，密集成片或成厚厚的菌丝层，俗称“冒菌丝”、“菌被”或“菌皮”。
2.发生病因
（1）移接母种时，气生菌丝挑的过多，并接种在含水量过高的原种栽培种瓶内，菌丝生长过浓密；
（2）管理不当。菇房高温，通风不良，培养料表面湿度大，CO2浓度过高；
（3）培养料中含氮量偏高，菌丝进行大量营养生长；
（4）出菇期温湿度十分适宜菌丝生长，菌丝开始二次生长，从生殖生长又转入营养生长，造成代谢紊乱不能出菇。
3.预防措施
移接母种时，挑选半基内半气生菌丝混合接种，防止气生菌丝挑得过多；
加强菇房通风换气，降低CO2浓度及空气湿度；
培养基配比要合理，掌握适宜的碳氮比，防止氮营养过剩；
加大通风，促进菌丝倒伏，促进营养生长向生殖生长转化；
在栽培过程中，一旦出现菌丝徒长的现象，就应立即加强菇房通风，降低二氧化碳浓度，降低培养湿度及料面湿度，以抑制菌丝生长，若菇床已形成菌被，应及时用刀破坏徒长菌丝以促进原基形成。
二、菌丝萎缩退化
1.为害特征
在食用菌栽培中，常有菌丝萌发后不吃料、发黄而萎缩，出菇阶段出现菌丝、菇蕾，甚至子实体停止生长，逐渐萎缩、变干，甚至死亡的现象。
2.发生原因
（1）菌种质量差；菌种衰退，生活力弱。如转管次数过多，或农药中毒等。
（2）高温烧菌; 在发菌后期，由于菌丝代谢旺盛，能量的释放会更多，料内温度一般比室温高2～5℃，如果菌袋内温度过高，较长时间超过35℃以上，会造成菌丝死亡现象（图1）。发生“烧菌”的菌袋表现为流黑色水、腐烂散袋、绝收等特征，严重危害食用菌生产。
（3）营养缺乏或不合理 多出现在播种之后3～5d。培养料配制或堆积发酵不当，培养料含氨量过高导致“氨中毒”而死亡。堆料配制时C/N不合适，发酵时间过长，培养料过于腐熟，产生酸化，都会造成培养料内菌丝萎缩成细线状。
（4）培养料湿度过大或料压得过实，造成通气不良，菌丝长速慢；或培养料湿度过小，水分不足，菌丝细弱。
（5）虫害 覆土和培养料都能带入螨类害虫，当虫口密度大时，使菌丝断裂而萎缩。
3．预防措施
选用长势旺盛的优质菌种；合理配制培养料；装料时，松紧要适度，灭菌要及时；培养过程中，要给予最适宜的环境条件。
三、退菌
1.为害特征
菌种接入后，初期萌发生长等均正常，此后的菌丝发展也能按预计进行，但按时间推算，菌丝达生理成熟期即将进行转化生长时，或者在出完一潮菇后，甚至有的在菌丝成熟前，菌丝逐渐失白，继而消失（图2），有的出菇也是“大脚形、鸡爪状”的畸形菇。
2．发生原因
种源种性退化，导致抗性下降，无法适应较高的培养温度，加之基料水分偏高，在基料内部产生大量生物热的情况下，菌丝自溶。
3．预防措施
（1）严把菌种关，母种转管时，应对菌种进行脱毒处理，或引进脱毒菌种，并根据生产计划控制菌龄，杜绝老化、退化现象发生。
（2）控制基料含水率在适宜水平，培养料的含水量在一定程度上决定了生产的生物学效率，但是随着基料含水量的提高，发菌的技术难度也相应提高。初次栽培者最好“宁干勿湿”，以确保生产的成功，随着技术水平的提高，逐渐加大水量，但最高不宜超过70%。
（3）高温季节发菌时，尽量避免菌袋间过分拥挤，培养温度不超过25℃。栽培时要协调好温、湿、气等因素，给菌丝生长创造良好的条件，使其健壮生长。
四、拮抗现象
1.为害特征
其表现为菌丝的尖端不再继续发展，菌丝逐渐积聚，由白渐变为黄，有一道明显的菌丝线即拮抗线，或者由在菌丝的接壤处有一道明显突起的菌丝线条形成。
2.发生原因
培养料含水量过高或过低或被杂菌感染。水分过高则菌丝前端与培养料有明显的分隔线，培养料颜色较深；水分过低则生长菌丝与培养料的界限不明显，培养料颜色较浅，菌丝生长前端不均匀、扩散也不整齐而且较为稀少；酸碱度不适合；用种量太少。
3.预防措施
配制培养料时严格按照各种食用菌生长要求的条件调节好培养料的含水量和pH，适量使用菌种。
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