臭氧对细菌、霉菌、病菌等微生物具有极强的杀灭力。它杀灭病毒是通地直接破坏其RNA和NDA物质业完成的；而杀来细菌、老菌类微生物的过程则是臭氧首先作用于细薄腊，继而破坏腊内组织直至溶解死亡。臭氧在食用菌栽培中的杀菌应用如下：
1.菌菇灭菌房在50立方米-100平方米的室内，搭成多层菌菇架，做好植菇前准备工作。然后在室内较高处（离天花板20厘米-30厘米）安装1台壁挂式臭氧发生器，关好门、窗，开机1小时，即可达95%以上灭菌效果。
2.培养基处理，培养基按原配方要求配好，摊晾在室内搁层架上，一切准备好后，开机1小时，即可95%以上灭菌效果。臭氧是气体具有弥撒性，可以扩散到任意角落，对任何角落进行消毒，没有死角。
3.将接好的菌种移入菌菇房内，开机灭菌30分钟，然后关机，每天观察食用菌生长情况。为确保菌种生长的良好环境，每次观察，可开机15分钟，停机后密封，防止腐殖菌、杂菌滋生，促进食用菌健康生长。为方便操作，可将臭氧机的电源开关安装在菌菇房门外方便使用。入室操作后即闭门开机，定时关机。
食用菌在我国被称为农业生产的第四大产业。是继粮食，生猪，瓜果之后又一快速发展农业品种。食用菌生产的成败，产量高底，质量的优劣，直接取决于生产制作过程中的每个关键环节。
一、培养料配置
培养料主要以桦木料的木屑为最好，配以棉子壳、黄豆杆、玉米芯等。辅以麦麸皮、米糠、添加微量元素。原材料新鲜、干燥、无霉烂变质是成功的基础。培养料的配制先按比例将所需原料(木屑、麦麸皮、石膏)干料充分混合拌均，添加的微量元素倒入水中化开后加入料中，反复搅拌多次，使料干湿均匀，成团料要打散开。
二、消毒环节
采用臭氧技术对食用菌生产环节进行灭菌消毒，可以在常温下处理，降低能耗，替代高温灭菌柜。
培养料消毒:是食用菌培养最关键环节。配制好的培养料采用高浓度臭氧水机生产的10mg/L臭氧水浸泡1小时。培养瓶或培养袋消毒：采用10mg/L高浓度臭氧水浸泡30分钟。接种室消毒：接种室在培养前三天采用臭氧机对空气强化消毒。臭氧消毒浓度为20-30mg/M3.灭菌彻底是提高成品率、降低成本、提高效益的关键环节。培养料采用臭氧水浸泡。可以保证培养料卫生、杀死培养料中的霉菌等。灵活掌握培养料的含水量，根据木屑质地软硬、粗细、含水量、空气湿度的大小等，配比的含水量予以相应调整。一般含水量达55-60%即可。培养料的含水量直接影响菌丝的正常生长，含水量过低菌丝生活力降低，含水量过高则降低菌丝的呼吸强度，影响菌丝的正常生长。
三、优质菌种选择及接种
选择适宜本地生长的优质、高产、高抗的优良菌株，严禁使用有杂质菌污染和虫害迹象以及退化、老化的劣质菌种。严格接种程序，确保接种成功率。接种室要求干净、干燥、密闭、远离污染源。灭好的菌袋或菌瓶进入接种室内。接种室内事先应经过臭氧消毒。接种工具、接种人员的双手要用75％酒精消毒。接种要迅速准确，接种量不宜太小。

四、发菌培养
接种后的菌袋或菌瓶放入培养室内，调控好环境温度，培养室要求干净、通气、干燥，室温宜控制在20－25℃左右，相对湿度70％左右（视品种而定）。当菌丝长到5－10cm左右即可翻袋检查，及时淘汰污染袋，调整菌袋位置以利换气通风，当菌丝长到一半时，再翻袋检查一次。整个发菌培养阶段不需要光照。发菌培养室内每天采用臭氧气体对培养室消毒1小时即可。
五、出菇棚场地建立和出菇
出菇棚要选择在近河流、空气流畅、四周宽阔、远离禽畜养殖场、酿造厂、生活区、医院、垃圾场的地方。