这边先要说的是双孢菇发酵的原理:发酵就是通过特定的温度和一定量的新鲜空气(主要是氧气)将原料发酵成适合双孢菇菌丝生长的培养物(料)。也就是通常说的有氧发酵。这边请记住几个重要语句:“特定的温度”，还有“一定量的新鲜空气”。这个是完成成功的发酵的必须条件。

    不同的食用菌发酵的温度略有不同，所以温度不要随便套用。这边主要说双孢菇的发酵温度。不同的温度阶段活跃的微生物是不一样的。双孢菇的原料首先需要高温的分解，需要经过高达73℃以上的有氧一次发酵阶段，这样的高温让原材料发生崩解，纤维素和半纤维素和木质素的镶嵌结构被破坏成适合双孢蘑菇菌丝生长的物质。当一次发酵后期，材料变成红褐色后，一次发酵已经是成功完成了。那么就要把发酵料送入菇房床架或者二次发酵隧道进行二次发酵。

     二次发酵主要是为了培养有益菌，特别是嗜热侧孢霉。二次发酵分为巴氏消毒阶段和控温发酵阶段。国内二次发酵涉及的消毒温度基本大部分都是照抄国外的，因为二次发酵最早从国外传入国内，而当时传入国内的时候，国外已经都是隧道为主，而隧道的保温性非常好，而且发酵料温差比较小，所以他们的巴氏消毒需要的温度在58-60℃左右就可以消毒比较彻底。而菇房床架式二次发酵由于菇房漏风原因，造成不容易杀死病原菌，所以需要把消毒的空间温度提高到60-65℃，维持24-8小时，这样才能把病原菌杀灭彻底。这个已经经过本人10多年及朋友们大量验证了。

     在经过巴氏消毒后，就要要进入控温发酵阶段，控温发酵阶段才是培养有益菌的阶段，这个时候关键要控制温度，因为前面提到了，不同的温度活跃的微生物不同。在55-65℃的温度阶段活跃的微生物主要是分解型的微生物，会将培养料分解出大量氨气出来。所以尽量避免这个温度。所以巴氏消毒后尽快把料温降低到54℃左右。而控温发酵阶段初期料温在54℃，然后一天2-3℃逐渐降低，在控温发酵阶段的第三四天左右将料温降低到48-45℃，这个温度阶段是消除氨气较快而且较安全的温度。如果氨气排净，那么可以降温播种了。如果氨气还排不净那么继续将料温维持在42-45℃，维持2-3天，而这个阶段很重要是必须氧气充足，这样有益微生物才会大量吸收氨气，将氨气转化为营养物质特别是糖蛋复合体，这个是蘑菇重要的营养物质。

     为什么二次发酵会出现氨气过大，主要有几点:一，一次发酵的时候厌氧了，造成一次发酵厌氧有时候是培养料粘性太大，购买的原料质量太差导致。有时候是培养料加水量过大，造成空气无法穿透料层，这样的料在二次发酵的时候就会分离出大量的氨气出来。二，加了过量的化肥，造成在二次发酵的时候微生物无法完全吸收利用完。三，二次发酵的时候培养料温度过高，一直维持在55℃以上，造成分解出大量氨气出来。所以这些情况要避免出现，那么就不会出现二次发酵氨气排不净的现象。