食用菌栽培使用优质的菌种是获得高产的保证，优质菌种的条件之一是无杂菌的纯培养菌种。无杂菌的纯培养菌丝体在基质中得到充足养分，良好的理化环境，菌丝体可以最大限度地生长发育。如果我们使用的菌种已带杂菌，杂菌对养分的吸收、对环境的适应性都会比栽培菌丝有优势，而且杂菌在基质生活，营养代谢过程产生的产物会改变原来基质的理化水平，就会不利栽培菌生长，甚至无法生长。我们在制作培养基的过程，原料本身都会带有杂菌的，所以菌种培养基配制后必须经过灭菌，并经严格抽查灭菌效果，才可进行接种，否则会造成很大的经济损失。

微波杀菌是微波热效应和非热效应共同作用的结果。微波的热效应主要起快速升温杀菌作用：而非热效应则使用微生物体内蛋白质和生理活性物质发生变异，而丧失活力或死亡。因此，微波杀菌温度低于常规方法，一般比较，传统的高压蒸汽杀菌，在温度为121℃的条件下，需要保持2h 以上才能达到灭菌效果，而微波杀菌温度仅在70至90度，时间约为几分钟，乙烯塑料袋(生产食用菌的培养基包装袋)适合于微波杀菌，并且对微波杀菌的效果没有影响