一忌料温超过30℃。30℃时平菇发菌是不会有很大问题的，但在30℃以上时，这个温区也适宜一些杂菌生存，这类杂菌在生活温性上接近发酵菌群，不易被杀死，而且能够与发酵的放线菌共存，发酵产生的抗生素对它们也没有什么抑制作用。另一方面，也容易启动再度发酵，这一次的发酵不是原料发酵的菌群，而是偏低温性的菌群会活跃，它们会阻止平菇菌丝生长。这样的发菌条件，最终极易形成夹心污染斑块——即两头正常中间有问题。

    二忌菌种萌发吃料温度低于18℃。平菇类在温度偏低的情况下，酶系统出现变化，显著丧失对部分杂菌（特别是某些绿霉）的抗性。虽然发酵料里有抗生素可以防止杂菌孢子的萌发，但菌种在开放操作过程形成的损伤，给杂菌以机会，污染就会从菌种处开始生长扩散。这样的后果是基本上污染同一杂菌，而且都是从菌种处开始，空白处反而不污染，要防止这两种情况出现，一是要选择好季节投料，二是不可堆叠发菌，日均温高于18℃时绝不堆叠，高于20℃时甚至要注意不能靠紧。如果需要连续投料，就必须有一个可以控温的发菌条件，前提是室内温度不高于25℃，单层上架培养，可以用托盘盛放菌袋发菌。为了防止料温上升，可以用温控器控制在25℃启动顶端排风。环境温度较低时，要趁热装袋接种进培养室。
    因为发酵料栽培发菌过程通常为15天至20天，（打孔的可能只要12-15天），所以培养室面积不需要很大。培养室如果只按一般季节生产，只需要简易的保温装修加一个温控排气窗就可以，如果按工厂化要求做，最好加上降温设备。