双孢蘑菇播种后到覆土之间这段时间称为发菌期，发菌期又分为前期和中期和后期。
一 前期
播种1-7天为前期，此阶段主要是菌丝萌发定植阶段，如果料内有问题，菌种质量差、播种不得法、管理不善等易造成菌丝不萌发，或者菌丝萌发后不吃料而死亡。故又称危险期。此期间管理分两个阶段：
1、1-3天内管理：为促使菌种尽快恢复后萌发出新生菌丝，应以保湿为主换气为辅，保证料面湿润，以利菌丝萌发。室温控制在26-28℃，空气相对湿度为80%左右，料温控制在30℃以下。
2、3-7天：正常情况下菌种已经萌发齐全，开始定植吃料。此阶段以换气为主，少通风为辅，促使菌丝封面吃料尽快战领料面，减少杂菌，多换气，经常保持菇房空气清新，室温控制在25-26℃，相对湿度为75-80%，料温在28℃以下。
3、注意事项：
（1）注意料温 如果料温回升到30℃以上，则需要及时在料面打孔透气，
降温。
（2）检查有否漏播和不发菌 漏播及时补种。不萌发的查明是否料的原因或
种的原因，及时针对处理。
（3）杂菌检查 此阶段的杂菌一般是毛霉、白色石膏霉和木霉，毛霉和白色石膏霉用可用食醋涂刷，木霉则用石灰水处理。
（4）虫害检查：仔细观察有否害虫，及时发现及早处理。
二 中期
1、播种后7-12天，为料内发菌吃料期，又称发菌中期。此期间是菌丝吃料、纵横生长期，亦称为发菌关键期。为使菌丝发快发壮，主要管理措施以小通风为主、大通风为辅的原则进行。室温控制在24-25℃，空气相对湿度控为75%左右。
2、此期间注意常出现的情况是菌丝生长停滞或长势无力，原因一般有五种：
（1）培养料碳氮比失调：一般氮肥过多，或者堆制时翻堆不均匀，料的下层有氨气产生，抑制了菌丝向下生长。特别是采用鸡粪作主要氮肥的培养料，经常发生此种情况。处理方法：轻者料反面打扦，加强通风，重者可以向料内喷施1-2%的葡萄糖水溶液。
（2）培养料太湿，料中缺氧，料内菌丝出现束状像菜根一样条条向下伸长，绒毛菌丝停在料面或者消失。处理方法：料内纵横打大而密的扦洞，加强通风，促进培养料排湿。
（3）培养料太干，菌丝纤细暗淡，生长无力。处理方法：视料的干燥程度喷或者淋0.5-1%的石灰水澄清液，特别干燥时可以在料面打小孔，淋补石灰清水，然后大通风，补足料内水分。
（4）检查虫害：如料内菌丝凌乱、部分消失，有特殊气味，则用玻璃片或者镜片遮盖料面，2分钟后取下玻璃片，仔细观察接触培养料的那面是否有螨类缓慢爬行。如有发现螨类可用磷化铝处理，效果很好。
（5）杂菌病害检查，如果料内有橄榄绿霉或者小菌核病，此两种病害一般出现在料的下层，严重抑制蘑菇菌丝生长，培养料会变得疏松，较粗的菌索。处理方法：等量式300倍波尔多溶液或者100倍的施耳康直接喷施于患区，
三 后期
播种后12-20天为培养料发菌后期，又称为覆土准备期。此阶段是养壮料内菌丝为覆土打好基础。因此以通风为主，室温控制在22-24℃。空气相对湿度70% -75%。加大通风量使料面干燥，减少料面杂菌孳生，保障覆土调水安全，抑制料面菌丝继续生长，保护料内菌丝活力
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